В этом случае вам придётся поднять домен на freeipa, установить доверительные отношения между лесами ad и freeipa, samba не работает с лесами выше 2012 r2, только в самбе 4.9 появилась поддержка последних версий леса, но пока в Astre 1,6 версия самбы ниже