Если в опциях монтирования (/etc/fstab) указано проверять файловую систему, а там это указано, то при старте системы будет запущена проверка. Но очень часто в авторежиме не всегда fsck может проверить и исправить проблемы (случай топик стартера). В этом случае требуется запуск fsck оператором в ручном режиме.