Уважаемый, вы начните с изучения программы которую планируете установить, хотя бы в каком виде программа (пакет, инсталлятор, исходные файлы).
В основном программы распространяются в виде пакетов и для их установки используется пакетный менеджер.
mypaint для debian как раз есть виде пакета в репозитории и установить вы его вольны как угодно, хоть , хоть apt, а может dpkg будет наиболее удобен

А на форуме нужно еще правильно научиться формулировать свои вопросы