Удалил его через Синаптик, дополнительно почистил sudo apt autoclean, sudo apt clean и sudo apt autoremove. Для открытия архивов задан другой архиватор по умолчанию. И всё равно в контекстном меню по правому клику команды создать архив и разархивировать ведут к ошибке из-за поиска именно Ark. Редактирование этого меню чтоб привязать и к нему другой архиватор невозможно - в /usr/share/flyfm/actions только пара файлов и они с архивацией не связаны.