Выход нашел. Нужно набрать команду sudo chattr +i /home/username/.local/share/kscreen/номер_файла где username имя вашего пользователя, если его не меняли, хотя менять лучше не стоит если нет опыта в этом, так как есть риск сломать систему. После этого этот файл не будет изменяться и разрешение экрана при запуске приложений через wine не будет меняться. Но даже если при выходе из полноэкранной программы настройки после использования этой команды будут сбиваться то после перезагрузки все будет возвращаться как прежде (это касается и местоположения значков на рабочем столе). А чтобы настройки не сбивались даже до перезагрузки, нужно выходить из программки не через ее меню а нажав сочетание клавиш Win+D воспользоваться функцией "Завершить задачу". А в случае когда Win+D не помогает, можно, выйдя из игры обычным способом открыть утилиту "Настройки монитора" и там подправить разрешение, не перезагружаясь и не выходя из сессии. Правда в этом случае значки на рабочем столе опять перемешаются но тут уже ничего не поделаешь.