Сертификация нужна если она нужна в области применения.
Если вы используете SE то вы скорее всего не нормальный человек (а представитель специализированной организации

) и скорее всего для Вашей области предусмотрены нормативные документы регулирующие порядок использования ПО.
По условиям эксплуатации ASTRALINUX SE 1.6 (например) указано обязательным включение режима замкнутой программной среды, что подразумевает получение от РусБИТех ключей для подписи Вашего ПО. Обязательные спец исследования при этом не указаны.