Так и не смог сделать запуск удаленных графических приложений через ssh от рута но нашел обходной путь. Нужно запустить удаленно утилиту "Запуск приложений" командой ssh -XC username@192.168.1.11 -p 22 "fly-run" и через нее от имени удаленного пользователя через su запустить нужное приложение с правами root. Правда немного странно: Политику безопасности от рута запускать и изменять удаленно получается а файловый менеджер из под рута как то не выходит... нельзя даже создать удаленно файл в графике и удалить его но когда его создавать на другой машине он здесь сразу бывает в графике виден. Запустил еще некоторые приложение от рута - получается. То есть в утилите "Запуск приложений" при указании нужного приложения и вводе имени пользователя и пароля, если нажать "выполнить" то он требует ввода пароля удаленного пользователя и из под него запускает. Похоже проблема видимо в файловом менеджере. Это конечно на страшно так как все это можно делать удаленно и через терминал но все таки странно.