У меня было похожее, только на Астре СЕ. После обновления система впадала в бесконечный цикл перезапуска сессии и вообще не могла толком загрузиться. Помогло удаление скрытой папки .fly в домашней директории. Но как будет в SE не знаю, может там другая причина.