Так как у вас в консоли все линкуется, значит вы необходимую библиотеку поставили. Проблема в том, что в IDE, (я так понимаю QtCreator) у вас не прописаны пути к этой библиотеке. Вам нужно найти где стоит эта либа и указать к ней путь. Я QtCreator не пользуюсь, поэтому не подскажу конкретно.
В принципе, если у вас libGL линкуется динамически, то путь к ней можно посмотреть с помощью `ldd` - возьмите бинарник, который у вас собрался в консоли и в каталоге где он лежит выполните команду:
```
ldd <имя вашего файла>
```
У вас будет вывод где будет написано, от каких динамических библиотек зависит бинарник и пути к этим библиотекам. Найдите там `libGL` и путь к ней нужно прописать в вашей IDE. Но вообще странно, эта библиотека должна быть доступна без лишних движений.
Ну а вообще логи были бы полезны. А так просто гадание по экрану монитора получается.