в /home/имя_юзверя/.fly/theme/current.themerc в самом низу есть numLockOn=false.. Надо этот false исправить на true
еще в /usr/share/fly-wm/theme/default.themerc есть похожая строка, только хз за что этот файл отвечает: за настройки созданных в будущем учетки или затронет и уже созданные