Подскажите насколько вероятно получить сертификат приложению разработанному на Электрон.
Electron (оно же известно ранее как Atom) - это только фреймворк, IDE, среда разработки ...
редактор кода, по большому счёту. Никакого отношения свойства и качества приложения не зависят от того, в каком редакторе его ваяют, зависит от языка программирования, с его библиотеками, дополнительных подключаемых runtime компонент и т.д.
P.S. Вообще то, я не первый раз здесь слышу вопрос о намерении и это вызывает удивление: зачем вести
разработку программных приложений в
защищённой операционной системе, со всеми сложностями, неудобствами и замедлениями? Делайте это (IMHO) в Astra Linux CE (да где угодно в Linux), а потом переносите в SE и сертифицируйте... или переносите разработку в SE только к тому её этапу, когда используются, задействуются специфические инструменты, API защищённой системы.