Проблема обеспечения безопасности. Root может всё, его очень сложно контролировать. Правильно, не только сточки зрения безопасности,работать под минимальными правами. Если что-то нужно, то подняли себе права на время операции и всё.
Это как ходить с заряженным пистолетом у которого взведён курок. Нельзя гарантировать, что он не выстрелит, пока ты смотришь в его дуло.