Добрый день.
Решается так: В КриптоПРо
Удаляете из "личных" установленный сертификат. Переходите в контейнеры. Выбираете Crypto-Pro GOST R 34.10-2012 Cryptographic Service Provider. Выбираете свой контейнер, и нажимаете установить сертификат.
Не забудьте установить корневой и промежуточный.