А из консоли, командой shutdown now пробовали вылючаться ?
Возможно проблема в некорректном отключении пит.
Есть ещё такая интересная команда
sync записывает данные, буферизованные в памяти, на диск. Буферизуются, например,
измененные супер-блоки, измененные inode'ы, операции...