Сброс fly по умолчанию не помог. Проверил dpi в файле sudo nano /etc/X11/fly-dm/dpi . Там стояло значение 144. Поменял методом подбора на 120 - вроде масштабирование стало нормальным.
Остался вопрос. Почему же ноутбуки часто не заходят в графический режим?
Обновлял систему на 20 ноутбуках.
1. После обновления системы ярлыки, окна, уведомления стали огромными. Диалоговые окна часто уходят за пределы экрана.
2. На некоторых графическая оболочка стартует только через startx.