1, В Синоптике находите Flatpak и устанавливаете.
2. Что бы не заморачиваться с подключением репозиториев Flathub, просто зайдите на сайт, например GIMP и скачайте установщик "org.gimp.GIMP.flatpakre".
Запустите установку как показано на первом рисунке (у меня там ошибка, потому что уже установлен). Установщик сам подтянет все нужные репозитории и дополнительные программки.
3. Очень важно, когда будете делать ярлычки в меню пуск или на рабочем столе (см. второй рис), чтобы название программы было точно такое. какое установилось. Кстати, некоторые программы, например Krita, сами добавляют ярлычки в меню Пуск.
Ну и всю справочную информацию можно получить набрав в терминале "flatpak -h".